[FACE=Verdana, Arial, Helvetica, sans-serif][COLOR=rgb(102, 102, 102)][BGCOLOR=rgb(237, 237, 237)][SIZE=13px]關於慈祐宮的創建年代，有許多說法。最早的為《臺灣通史》，稱其建於康熙二十五年（1686），曰天后宮，余文儀的《續修臺灣府志》則記為雍正九年（1731），《淡水廳志》的記載更晚，為乾隆十八年（1753）。然而依據廟中所嵌碑文之記載，同治十二年（1873）所立的《重修慈祐宮碑記》中所述的年代明確記載「慈祐宮者當雍正七年闢是地即建是宇」。而乾隆四十四年（1779）所立的《重修慈祐宮碑記》，有「新庄置宮顏曰慈祐始于前乾隆十八年（1753）」的記載。兼之以廣福宮中乾隆十五年（1750）《奉兩憲示禁碑》中記載「乘十三年（1748）火災新直街（新莊街）」推斷，慈祐宮至晚應於雍正七年（1729）已經修建，但於乾隆十三年（1748）因新莊街發生火災而被焚燬，故而於乾隆十八（1753）年時重建，同時改天后宮為「慈祐宮」。[/SIZE][/BGCOLOR][/COLOR][/FACE]
[FACE=Verdana, Arial, Helvetica, sans-serif][COLOR=rgb(102, 102, 102)][BGCOLOR=rgb(237, 237, 237)][SIZE=13px]據此，可以推斷慈祐宮為新莊沿河三廟（慈祐宮、廣福宮、武聖廟）中最早建立的，亦為新莊地區最古老的廟宇，為臺北地區僅次於關渡宮的第二古老媽祖廟。[/SIZE][/BGCOLOR][/COLOR][/FACE]
[FACE=Verdana, Arial, Helvetica, sans-serif][COLOR=rgb(102, 102, 102)][BGCOLOR=rgb(237, 237, 237)][SIZE=13px]之後於乾隆四十二年（1777）新莊巡檢曾應蔚、嘉慶十八年（1813）新莊縣丞曹汝霖曾兩次倡捐，先後進行二次的大規模重修，而後者進行重修時，尚用修建所剩的餘款另外為原本配祀於慈祐宮的文昌帝君，獨立建祠，為新莊文昌祠建立之始。其後又分別於光緒元年（1875）、日治昭和二年（1927）、昭和十一年（1936）、民國五十四年陸續進行修建，奠定今日所見的規模。[/SIZE][/BGCOLOR][/COLOR][/FACE]
[FACE=Verdana, Arial, Helvetica, sans-serif][COLOR=rgb(102, 102, 102)][BGCOLOR=rgb(237, 237, 237)][SIZE=13px]鑑於乾隆十三年（1748）的新莊街大火，天后宮亦遭波及，因此在乾隆十八年（1753）所發起的重建，同時在開山殿後面開闢池塘，以為鎮火救災之用，由於當時新莊街以北尚無建築物，池水倒映觀音山影，時人謂之「美人照鏡」、「倒照觀音」，為昔日新莊八景之一。[/SIZE][/BGCOLOR][/COLOR][/FACE]