元丰四年（1081），有诏书说："曾巩史学见称士类，宜典五朝史事。"于是便"以为史馆修撰，管勾编修院，判太常寺兼礼仪事“。史称"近世修国史，必众选文学之士，以大臣监总，未有以五朝大典独付一人者“，于是曾巩入朝辞谢说："此大事，非臣所敢当。"并有《申中书乞不看详会要状》，表示谦让。
元丰五年（1082）四月，擢拜中书舍人。这时曾巩又有《辞中书舍人状》，述说自己"齿发已衰，心志昏塞“，希望另选贤能。还有《授中书舍人举刘攽自代状》，表示谦退。但这年九月，曾巩即遭母丧，因而罢职。
元丰六年（1083）四月，曾巩卒于江宁府（今江苏南京一带），终年65岁。著作有《元丰类稿》等。
综观曾巩一生，历任州郡官吏十几年，在京师作官的时间不多。从他的一些政论文章看，如《唐论》、《书魏郑公传后》、《熙宁转对疏》、《自福州召判太常寺上殿札子》、《移沧州过阙上殿札子》等，并没有突出的政治见解。其主要观点是泛称三代之制，称赞后周和唐初的贞观之治，而对于宋代的政治却没有多少条陈和建议，与范、欧诸公不同。他在《移沧州过阙上殿札子》中对于宋朝的现状还是相当称赞的。他说：
盖远莫懿于三代，近莫盛于汉唐，然或四三年，或一二世，而天下之变不可胜道也。岂有若今五世六圣、百有二十余年，自通邑大都，至于荒陬海聚，无变容动色之虑萌于其心，无援桴击柝之戒接于耳目。臣故曰：生民以来未有如大宋之隆也。
又说：
今陛下履祖宗之基，广太平之祚，而世世治安，三代所不及，则宋兴以来，全盛之时，实在今日。
由此可见，曾巩对于当时的政治不仅没有任何不满，而且推崇备至，当然也就不曾提出改革的意见。
在这以前，熙宁二年（1069），王安石参知政事，推行新法，当时曾巩出守越州，其后转徙六郡，在外十二年。对于熙宁新法，也没有发表过具体意见。只是在《过介甫归偶成》诗中说过："心交谓无嫌，忠告期有补，直道讵非难，尽言竟多迕。知者尚复然，悠悠谁可语。"观此，则两人过去言谈之间，可能有过意见分歧。还有，其《与介甫第二书》也说："比辱书，以谓时时小有案举，而谤议已纷然矣。足下无怪其如此也。"又说："谤怒之来，诚有以召之，故曰：足下无怪其如此也。虽然，致此者岂有他哉？思之不审而已矣。"由此看来，在政治上二人是有分歧的。
总的看来，曾巩一生，政治表现不甚突出。《宋史》本传说"吕公著尝告神宗以巩为人行义不如政事，政事不如文章“。这话可能有些根据。
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